第十二條發布通知。州科技局會同州財政局、州稅務局發布年度申報通知，明確相關要求、具體流程等。
第十三條組織申報。申報研發投入后補助的企業按申報通知通過阿壩州科技管理信息系統提交補助申請表和相關材料。
第十四條審核匯總。申報研發投入后補助的企業材料由阿壩州科技管理信息系統內推薦單位嚴格把關。州級部門作為推薦單位的，負責申報工作的審核、推薦與匯總，并將匯總表函報州科技局；縣市科技部門作為推薦單位的，需會同同級稅務部門進行審核，并與同級財政部門、稅務部門會簽后將匯總表函報科技局。
第十五條核定公示。州科技局會同州稅務局、財政局核定擬企業研發投入后補助的企業名單及補助額度，并向社會公示。
第十六條資金下達。公示無異議后，由州財政局按程序報批后撥付下達。